Ateliers

Comme les années précédentes, les  12^èmes journées scientifiques du RFMF (du 21 au 23 mai 2019 à Clermont-Ferrand) seront précédées d’une journée dédiée à des ateliers thématiques satellites. Ces ateliers, plébiscités,  sont souvent l'occasion de se former ou simplement d’échanger  autour des différents aspects de la métabolomique et de la fluxomique.

DATE LIMITE DES INSCRIPTIONS : 5 MAI 2019 !!

Les ateliers se dérouleront le 20 mai 2019 à l'école de management (https://goo.gl/maps/Tw1S9UFETZv). Des solutions de restauration sont présentes dans le bâtiment (une cafétéria, un kiosque à sandwichs).

Voici les liens : http://usine.crous-clermont.fr/restaurant/kiosque-jaude/ , http://usine.crous-clermont.fr/restaurant/cafeteria-de-jaude/

 PROGRAMME DES ATELIERS

 (les détails du programme seront affinés dès que possible)

Pour participer aux ateliers il faut vous inscrire directement auprès des animateurs de l’atelier (attention le nombre de places est souvent limité) et que vous soyez inscrit aux 12^èmes JS du RFMF.

Atelier 1 - metabo MOOC (usemetabo) au service des enseignants

Animateur(s) : Rolin Dominique (dominique.rolin@inra.fr) & Alain Bouchereau (alain.bouchereau@univ-rennes1.fr)

Plus les autres contributeurs du MOOC que vous retrouverez sur le site de FUN à cette adresse :  https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:cnrs+136001+session01/about

Public envisagé et prérequis :

-     Public : Enseignants-chercheurs, vacataires d’enseignements, conférenciers auprès d’étudiants, en quête de ressources pour leurs enseignements/interventions dans le domaine de la métabolomique dans leurs établissements

-      Prérequis : enseigner, intervenir auprès d’étudiants, dans un cursus universitaire, niveaux LM

Contexte et objectifs de l’atelier :

Les communautés bio-informatique et métabolomique,fédérées autour d’infrastructures nationales (Institut Français de Bioinformatique (IFB) et MetaboHUB), ont notamment pour mission de contribuer à la formation aux nouveaux usages technologiques et aux champs de leurs applications.

Les MOOC (Massive Open Online Courses) ont récemment fait une apparition dans le paysage de l’enseignement supérieur mais aussi de la recherche, suscitant de forts intérêts. C’est dans ce contexte et grâce aux soutiens de l’IFB, de MetaboHUB, du Réseau Francophone de Métabolomique et Fluxomique (RFMF) et de l’Université de Rennes 1 qu’il a été décidé de créer un MOOC dédié à la métabolomique : Usemetabo.

Usemetabo , dont la première sortie a eu lieu en octobre dernier a eu pour principal objectif de présenter en français pour des étudiants de niveau licence les concepts et méthodologies appliqués au profilage métabolique et à la métabolomique, en révéler les principaux usages et en illustrer les principaux champs d’applications. Il a connu un franc succès.

Les ressources vidéo sont d’ores et déjà disponibles sur un site WEB.

Cet atelier est conçu sous la forme d’une séance d’échanges entre ceux qui ont participé à l’élaboration de ce MOOC (20 contributeurs) et ceux qui ont ou auraient la volonté  d’enseigner la métabolomique dans leur établissement. Ce MOOC est appelé à vivre, à évoluer  et à fournir d’autres formes de ressources pédagogiques facilement accessibles aux enseignants. Il nous semble essentiel de pouvoir partager ces projets avec la communauté enseignante, dans le cadre du RFMF, et recueillir les besoins/les envies en matière d’outils pédagogiques et de contenus valorisables sous différents formats pour faciliter l’enseignement de la métabolomique et de la fluxomique à l’échelle nationale.

Durée de la session : 2h

Date et lieu : Lundi 20 mai 2019 à  l’Université Clermont Auvergne.

Nb de places maximum : 50

Références (publications, sites, outils, etc.) :

Voir le site  de FUN pour le MOOC de la  métabolomique :  https://www.fun-mooc.fr/courses/course-v1:cnrs+136001+session01/about

Voir la vidéo introduisant usemetabo : https://www.dailymotion.com/video/x6mt32w

Atelier 2 -  MIMOSA: A mass spectrometry application for processing and analysis of metabolomics data – Application to lipidomics

Animateur(s) : Djomangan Adama Ouattara (Djomangan.OUATTARA@bioaster.org), Joséphine Abi-Ghanem (Josephine.ABIGHANEM@bioaster.org)

Public envisagé et prérequis :

-      Public : Bioinformaticians and biochemists in mass spectrometry

-    Prérequis : Mass spectrometry in metabolomics / Basic knowledge of  MS data processing (peak picking, alignment and annotation)

Objectif de l’atelier :

The objective of this workshop is to introduce the main fundamentals of the bioinformatics tools developed at BIOASTER for the processing and analysis of mass spectrometry data in metabolomics, with a focus on lipidomics. MIMOSA (Mass spectrometry processIng of MetabOlomicS DatA) is an application module for BIOCODE, which is a transversal computational framework for metabolomics.  MIMOSA allows building simple to complex pipelines to process and analyze metabolomics data with a high reproducibility and traceability. MIMOSA is ready-to-use, fast and extendable. It is specially designed to handle large metabolomics data (up to hundreds of raw files) in a reasonable time laps on a classical laptop. It allows interfacing available software like ProteoWizard, OpenMS and built-in functions for data normalization, statistical analysis and the identification of metabolites using Sirius, Metfrag and LipidMatch. As well, other tools can easily be interfaced into the MIMOSA to build customized workflows. MIMOSA is available as open Matlab scripts and a standalone application to non-developer users. Its extension to more open programming languages is planned.

Compétences acquises à la sortie de l’atelier :

-      Processing of raw MS metabolomics data (with custom metadata), feature annotation, feature identification, basic MS data analyses (unsupervised, supervised analyses)

-      Use of MIMOSA using Matlab scripts

-      Use of MIMOSA using the standalone application (for non-developer users)

-      Use of OpenMS, ProteoWizard, LipidMatch tools for untargeted metabolomics and lipidomics

-      Use of the BIOCODE framework under Matlab environments

Durée de la formation : 3h

Date et lieu : Lundi 20 mai 2019 à  l’Université Clermont Auvergne.

Nb de places maximum : 20

Références (publications, sites, outils, etc.) :

Abi-Ghanem et al, MIMOSA: A computational application for mass spectrometry preprocessing of metabolomics data, to submit to BMC Bioinformatics February 2019

Ouattara et al, BIOCODE: A transversal framework for computational workflow standardization – Fundamental concepts of the PRISM architecture, to submit to BMC Bioinformatics February 2019

Röst HL, Sachsenberg T, Aiche S, Bielow C, Weisser H, Aicheler F, et al. OpenMS: a flexible open-source software platform for mass spectrometry data analysis. Nat Methods. 2016;13:741–8

Koelmel JP, Kroeger NM, Patterson RE, Cochran JA, Beecher CWW, Garrett TJ, et al. LipidMatch: an automated workflow for rule-based lipid identification using untargeted high-resolution tandem mass spectrometry data. BMC Bioinformatics. 2017;18:331.

Ruttkies C, Schymanski EL, Wolf S, Hollender J, Neumann S. MetFrag relaunched: incorporating strategies beyond in silico fragmentation. J Cheminform. 2016;8:3

Pré-requis pour les participants : afin de profiter pleinement de cet atelier, merci de bien prendre en compte les configurations matérielles requises (si besoin, merci de contacter les animateurs pour confirmation).

-      Personnal computers

-      Free Matlab (2017, 2018 or 2019) pre-installed (Warning: the installation time is long)

• At least the Bioinformatics Toolbox is required
• It is recommended to install all the toolboxes by default

-      ProteoWizard 3.0.x pre-installed (will be provided otherwise)

-      OpenMS 2.3 preinstalled (will be provided otherwise)

Atelier 3 - Intégration de données en métabolomique

Animateur(s) : Marion Brandolini -  marion.brandolini-bunlon@inra.fr

                       Julien Boccard - julien.boccard@unige.ch

Public envisagé et les prérequis :

-      Public : Chercheurs, ingénieurs, étudiants travaillant en métabolomique et en quête d’informations sur les concepts, méthodes et outils d’intégration de données.

-      Prérequis : Notions de base en traitement de données métabolomiques

Objectif de l’atelier :

L’objectif de cet atelier est, dans un premier temps, d’introduire les concepts clefs (structure des données, niveaux de fusion) et les stratégies expérimentales d’intégration (bioinformatique ou chimiométrique) des données métabolomiques, et d’en illustrer quelques-unes à travers différents exemples d’applications.  

Il est, dans un deuxième temps, de créer des interactions entre participants, avec des échanges sur les différentes stratégies au regard de la nature des données et du type de question de recherche posée.

Compétences acquises à la sortie de l’atelier :

- Compréhension globale des différentes stratégies d’intégration des données métabolomiques

- Capacité de s’orienter vers une approche adéquate pour intégrer ses données expérimentales

Durée de la formation : 2h

Date et lieu : Lundi 20 mai 2019 à  l’Université Clermont Auvergne.

Nb de places maximum : 30

Atelier 4 - Les réseaux moléculaires, découverte et prise en main

Animateur(s) : Amina Bouslimani (abouslimani@ucsd.edu), Pieter Dorrestein (pdorrestein@ucsd.edu), Nicolas Elie (nicolas.elie@cnrs.fr), Yann Guitton (yann.guitton@oniris-nantes.fr), Louis Felix Nothias (nothias@ucsd.edu), David Touboul (david.touboul@cnrs.fr)

Public envisagé et les prérequis :

-      Public : Utilisateurs de spectrométrie de masse (débutants ou expérimentés) appliquée  à la métabolomique.

-      Prérequis : Spectrométrie de masse et métabolomique, Notions de base en spectrométrie de masse en tandem (MS/MS), acquisition automatique de spectres MS/MS, annotation de spectres MS/MS.

Contexte et objectifs de l’atelier :

L'atelier ‘Réseaux Moléculaires’ (Molecular Network) a pour but d'introduire une approche bioinformatique permettant d’organiser, visualiser et interpréter des données de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) obtenues en mode non ciblé, utilisé communément en métabolomique. La méthode des réseaux moléculaires est basée sur l'évaluation du degré de similarité spectrale et permet de comparer, aligner et grouper des spectres MS/MS collectés à partir de différents échantillons afin de mettre en évidence des familles de molécules ayant des structures chimiques similaires. A travers l’analyse de ‘Réseaux Moléculaires’, il est également possible d’annoter les spectres MS/MS en les comparant aux spectres de référence des banques publiques. Durant cet atelier, nous présenterons les concepts de bases, et les étapes clés requises pour créer un réseau moléculaire avec la plateforme GNPS (http://gnps.ucsd.edu, Global Natural Products Social Molecular networking) ainsi que le logiciel MetGem (https://metgem.github.io/, pour la génération de réseaux moléculaires avec l’outil t-SNE). Notamment, vous apprendrez à créer et visualiser un réseau moléculaire à partir de données MS/MS. Cet atelier sera également l’occasion de vous familiariser avec les outils permettant la conversion de vos données aux différents formats de fichiers (mzML, mgf...). Vous utiliserez par la suite l’outil ‘Library Search’ qui permet d’annoter des spectres MS/MS grace aux banques publiques de spectres de références. Au cours de cet atelier, des fichiers de démonstrations seront mis à disposition, toutefois il est possible d’utiliser vos propres fichiers MS/MS. L’atelier se terminera par une présentation des autres outils disponibles sur la plateforme GNPS, tels que le Molecular Blast (MASST) permettant de rechercher un spectre MS/MS dans toutes les données publiques déposées sur GNPS/MassIVE, et le feature based molecular networking qui permet l'intégration d’OpenMS, MZmine2, MS-DIAL, XC-MS et MetaboScape, avec GNPS, ou d’autres logiciels d’analyses de données MS/MS.

Compétences acquises à la sortie de l’atelier :

Les participants apprendront à :

i) Gérer les formats de données

ii) Créer et visualiser un réseau moléculaire sur la plateforme GNPS.

iii) Naviguer sur la plateforme GNPS afin d'accéder aux résultats d’analyses et de les interpréter.

iv) Chercher un spectre MS/MS dans les données publiques déposées sur GNPS/MassIVE.

v) Accéder à d’autres outils et ressources disponibles sur GNPS.

vi) Créer, visualiser et interpréter des réseaux avec le logiciel MetGem.

Durée de la formation : 4 h

Date et lieu : Lundi 20 mai 2019 à  l’Université Clermont Auvergne.

Nb de places maximum : 50

Références (publications, sites, outils, etc.) :

Wang, M. et al. Sharing and community curation of mass spectrometry data with Global Natural Products Social Molecular Networking, Nature Biotechnology 34, 828-837 (2016) - https://www.nature.com/articles/nbt.3597

Olivon et al. MetGem Software for the Generation of Molecular Networks Based on the t-SNE AlgorithmAnalytical Chemistry 90(23), 13900-13908 (2018) - https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.analchem.8b03099

GNPS website- https://gnps.ucsd.edu/ProteoSAFe/static/gnps-splash2.jsp

GNPS documentation - https://ccms-ucsd.github.io/GNPSDocumentation/

GNPS YouTube channel - https://www.youtube.com/channel/UCufTdDIUPjfoN604Igv_29g/videos

MetGem - https://metgem.github.io/

Pré-requis pour les participants : afin de profiter pleinement de cet atelier, merci de bien prendre en compte les configurations matérielles requises (si besoin, merci de contacter les animateurs pour confirmation).

Les participants doivent disposer d’ordinateurs personnels (Windows, MacOS, linux) et de connaissances de base sur la spectrométrie de masse en mode tandem. Le logiciel MetGem est téléchargeable à l’adresse suivante: https://metgem.github.io/ et installable sous Windows.

Atelier 5 - Juniors

Animateur(s) : RFMF Junior (rfmf.junior@gmail.com)

Public envisagé et les prérequis :

Public : Cet atelier vise plus particulièrement la communauté junior mais reste ouvert à tous !

Prérequis : Aucuns

Objectif de l’atelier : Créer des échanges par groupes autour des outils analytiques, statistiques et méthodologiques utilisés en métabolomique et fluxomique.

Compétences acquises à la sortie de l’atelier : Une vision plus éclairée des différents outils disponibles et utilisés dans le domaine de la métabolomique, fluxomique ainsi que des nouveautés en cours de développement qui viendront compléter et améliorer nos ressources.

Durée de la formation : 2 heures

Date et lieu : Lundi 20 mai 2019 à  l’Université Clermont Auvergne.

Nb de places maximum : 50

Références (publications, sites, outils, etc.) : http://www.rfmf.fr/rfmf-junior.html